我国基本医疗保险制度自建立以来，覆盖范围不断扩大，保障水平逐步提高，在保障参保人员基本医疗需求、提高群众健康水平等方面发挥了重要作用，但也面临医疗费用不合理增长、基金运行压力增大等问题，存在中长期不可持续的风险。不合理增长的医疗费用部分抵消了政府投入的效果，加重了社会和个人负担。
三部门要求，要加强基本医疗保险基金收支预算管理，具体包括：科学编制收支预算，各统筹地区要严格按照“以收定支、收支平衡、略有结余”的原则编制收支预算；依法足额征收保费，各统筹地区要进一步扩大基本医疗保险覆盖范围，确保应保尽保；规范个人账户支出，加强职工基本医疗保险个人账户支出管理，个人账户原则上不得用于非医疗支出；完善待遇支付政策，基本医疗保险待遇标准要与筹资水平及当地经济发展水平相适应，提高基本医疗保障水平不应超过基本医疗保险基金承受能力。此外，坚持基金精算平衡。
此外，三部门还要求实施基本医疗保险支付方式改革，统筹地区要结合本地实际，全面实施以总额预算为基础，门诊按人头付费，住院按病种、按疾病诊断相关分组（DRGs）、按床日付费等多种方式相结合，适应不同人群、不同疾病及医疗服务特点的复合支付方式，逐步减少按项目付费，将支付方式改革覆盖所有医疗机构和医疗服务。建立健全“结余留用、合理超支分担”的激励约束机制，激励医疗机构提高服务效率和质量。
三部门还要求，各地要加强对基本医疗保险经办机构的绩效考核，将预算编制、费用控制、服务质量等纳入考核范围，促使其工作重心从审核报销向费用控制、加强收支预算管理、提高服务质量转移。鼓励各统筹地区探索建立与基本医疗保险经办机构工作绩效挂钩的激励机制。
