此前亦有居民对该中心注射疫苗时使用的注射器提出质疑，但得到的答复是“为了避免污染”。当地的妇幼保健院打疫苗时医生称：“这个蓝色针管和药剂都是原装封装在一起的，针管不是为了好看才弄成有颜色的，里面有药粉，和瓶子里的药混合后打才是有效的，不能用其他针管代替，除非你能把里面的药粉抠出来用了。进口五联疫苗和药剂都是原装封存在一起的，更换针管就等于更换药剂“。消息传开后，周围居民从当晚七点开始聚集，到该社区服务中心“要说法，到晚上十一点左右人群才逐渐散去。事发后涉事医生和医院负责人全部“消失”。
家长们获取了该卫生服务中心的疫苗接种家长知情同意登记本，并发现有两位接种儿童出现了“先接种后出生”的怪事。疫苗进货数量与接种疫苗儿童登记数量也存在出入。在该中心接种的儿童所持的接种记录中，疫苗批号、生产厂家和医生签章全部空白，而这些记录在正规的接种记录中必须填写。该中心公开的重庆六院《重庆市南岸区儿童扩大免疫规划疫苗接种家长知情同意登记本》(以下简称登记本)复印件。据了解，涉事卫生服务中心属于重庆市第六人民医院管辖。而多位家长表示，自己并没有在类似的登记本上签字。还有一些家长质疑，公布的登记本家长签字笔迹相同，该登记本涉嫌造假。
14日凌晨0点03分，重庆市南岸区官微“南岸政务”更新微博称：2016年5月13日，有家长投诉称怀疑重庆市第六人民医院花园路街道社区卫生服务中心注射的自费疫苗被“调包”。市卫生计生委、南岸区委区政府获悉后高度重视，目前，市卫生计生委、区卫生计生委、区疾控中心、区公安分局、重庆市食药监局南岸分局等部门已组成联合调查组，对家长投诉情况进行调查核实，并将尽快向群众公布调查结果和处理意见。
14日上午10时58分“南岸政务”再次更新微博，发布公告称：经初步核查，重庆第六人民医院花园路街道社区卫生服务中心今年以来共购买疫苗346支，均从南岸区疾控中心购买(该数据与南岸区疾控中心核对一致)。其中，重庆市第六人民医院从南岸区疾控中心购买80支疫苗配送给花园路街道社区卫生服务中心，社区卫生服务中心直接从区疾控中心购买疫苗266支。目前已使用326支，剩余20支已经封存。
对于以上回复相关群众并不满意。家长称想要知道到底疫苗有没有调包，调包成什么疫苗，涉及到多少儿童。
重庆市卫生和计划生育委员会副主任刘克佳称，至于该卫生服务中心是否存在疫苗调包的行为，目前还没有调查结果。涉事中心医务人员已被警方控制。
重庆市卫生和计划生育委员会副主任刘克佳称，至于该卫生服务中心是否存在疫苗调包的行为，目前还没有调查结果。涉事中心医务人员已被警方控制。
